Alinear dos secuencias de nucleótidos (ADN o ARN) o de aminoácidos (proteínas) significa compararlas linealmente para determinar las zonas de similitud. Esto se realiza mediante métodos bioinformáticos.
Al comparar linealmente dos secuencias puede ser necesario insertar espacios para rellenar "huecos" (
gaps) entre zonas idénticas o muy similares. Véase, por ejemplo:
http://www.ebi.ac.uk/help/gaps.html
En este contexto,
'gap alignment' significa
'alignment with gaps' (alineamiento/alineación con huecos/interrupciones, o, como se ve con muchísima frecuencia, alineamiento/alineación con gaps).
Aunque "brecha" es una traducción posible de
'gap', en este contexto no tiene ningún sentido hablar de "alineación de brechas", tal como dije en un comentario que fue censurado por ser considerado ofensivo o de índole personal (¿?). En efecto, al hacer un
'gap alignement' no se alinean brechas (¿de qué?), sino secuencias, pero introduciendo espacios.
[Sigo en otra ventana por falta de espacio.]