 Member since Jun '11
Working languages: English to Russian
Russian to English
Availability today:  | February 2012 |  | | S | M | T | W | T | F | S | | | | | 1 | 2 | 3 | 4 | | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | | 26 | 27 | 28 | 29 | | | | |
|  Igor_2006
MSc Сhemistry
Novokuznetsk, Kemerovskaya Oblast', Russian Federation Local time: 01:31 NOVT (GMT+7)
Native in: Russian  | |
Freelancer,  Verified member | | Translation | | Specializes in: | | Biology (-tech,-chem,micro-) | Genetics | | Medical: Pharmaceuticals | Medical (general) | | Chemistry; Chem Sci/Eng | Science (general) | | Medical: Health Care | Mathematics & Statistics | | Computers (general) |
| Also works in: | | Agriculture | Linguistics | | Livestock / Animal Husbandry | Materials (Plastics, Ceramics, etc.) | | Medical: Instruments | Nutrition | | Physics | Psychology | | Sports / Fitness / Recreation | IT (Information Technology) | | Food & Dairy | Botany | | Medical: Cardiology | Computers: Hardware | | Computers: Software | Cosmetics, Beauty | | Medical: Dentistry | Environment & Ecology | | Fisheries | Zoology |
More Less | | PRO-level points: 2954, Questions answered: 1215, Questions asked: 39 | 1 projects entered  1 positive feedback from outsourcers | Project Details | Project Summary | Corroboration |
Translation
Volume: 10 pages
Completed: Nov 2011
Languages:
English to Russian | small advertising text about hospital
Medical: Health Care | positive
Sezin A. Ninic: Excellent, on time, as promised, high quality |
More Less | Sample translations submitted: 4 English to Russian: Водные молекулы в кристаллографии белков
General field: Science
Detailed field: Chemistry; Chem Sci/Eng | Source text - English
In the X-ray analysis of a protein crystal structure, "solvent molecules" appear as spheres of electron density in difference Fourier maps calculated at the end of a refinement. In a strict sense, the electron density map exhibits preferred sites of hydration which are occupied by freely interchanging solvent molecules. This electron density is well defined for the tightly bound solvent molecules and can be as spurious as "just above background" for ill-defined molecules which exhibit large temperature factors and/or only partly occupied atomic positions. Since these two parameters are correlated in least-squares refinement, this gives rise to methodological problems.
The evidence from X-ray analyses for solvent molecule sites can be ambiguous, because the calculation of the electron density distribution is much more sensitive to the structure factor phase angles than to the amplitudes which are measured. Hence the adage "you get out of a Fourier synthesis what you put into it". In protein crystallography, the initial structure model is in general based on phase angles derived from multiple isomorphous replacement, which are only reliable to medium resolution around 3 A where individual solvent molecules are not yet "seen". In progressive cycles of refinement the structure model of the protein is improved, side-chains are located according to the known amino acid sequence, and data to higher resolution limits are included stepwise, depending on the increasing quality of the model. If solvent peaks appear in hydrogen-bonding distance to the protein surface, they will be added to the model. Unless a correct or approximately correct solvent structure is included in the analysis, the structure factor phase angles will be biased to exclude it, resulting in the elimination or de-emphasis of the solvent electron density in the Fourier maps.
The first serious attempt at interpreting the protein hydration by crystallographlc methods was made 1979 on rubredoxin, a molecule consisting of only 54 amino acids [835]. The refinement by conventional (unconstrained) least squares methods included a total of 127 water sites and converged at an R-factor of 12.7% with 1.2 Å resolution data. The water oxygen atoms were added to the model only if their temperature factors were 0.3e/ Å3, i.e., corresponding to the electron density expected for liquid water, 0.34 e/Å 3.
Since then, refinement methods were considerably improved with the introduction of constrained least-squares minimization, which significantly reduces the number of variables and increases the ratio data/parameters. Even with these methods, water structure more remote from the protein surface tends to be blurred or is featureless, rendering the interpretation of the less well-defined regions in solvent space more ambiguous or impossible.
Three other rubredoxins have been studied in which all, or almost all, of the water corresponds to discrete peaks and appears to be ordered. However, the complexity of the hydrogen bonding linking these solvent peaks is such that, hitherto, it has not been possible to deduce a rational bonding scheme analogous to that described in Fig. 18.5 for the cyclodextrin hydrates [835 a].
The electron density distribution for solvent molecules can be improved if the contribution from bulk water to the X-ray scattering is included in the model. This affects the low-angle X-ray intensity data which are omitted in early stages of the least-squares refinement of protein crystal structures. If they are included in refinement and properly accounted for, the signal-to-noise ratio in the electron density maps is significantly improved and the interpretation of solvent sites is less ambiguous.
There are two ways for including the contribution from bulk water. One was first introduced in fiber diffraction analysis of polynucleotides. It subtracts the X-ray scattering contribution of bulk water from the individual atomic scattering factors used in the structure analysis [700, 836]. The other incorporates the continuous electron density of liquid water, 0.34 e/ Å3, in the electron density calculations. As a result the more localized solvent atoms are more clearly defined in difference electron density maps [837].
| Translation - Russian
При анализе рентгеновскими лучами кристаллической структуры белков "молекулы растворителя" проявляются в виде сфер электронной плотности по различию карт синтеза Фурье, рассчитанных по окончании уточнений позиций атомов. В строгом смысле карты электронной плотности выявляют предпочтительные участки гидратации, которые заняты свободно обменивающимися молекулами растворителя. Эта электронная плотность хорошо определяется только для жестко связанных молекул растворителя и может быть настолько неинформативной, как "лишь чуть-чуть выше фонового уровня", для плохо определенных молекул с большими температурными факторами и/или только частично занятыми позициями атомов. Поскольку эти два параметра коррелируют при уточнении позиций по методу наименьших квадратов, то это приводит к методологическим проблемам.
В исследованиях рентгеновскими лучами признаки, указывающие на те или иные участки для молекулы растворителя, могут быть неоднозначными, потому что расчеты распределения электронной плотности намного чувствительнее к фазовым углам структурных множителей, чем к амплитудам, которые, собственно, и измеряются. Отсюда и возникла поговорка "Вы получаете из синтеза Фурье лишь то, что Вы в него вложили". В кристаллографии белков исходная модель структуры обычно основана на фазовых углах, полученных из множественных изоморфных замен, надежных только до среднего разрешения около 3 Å, при котором отдельные молекулы растворителя еще не "видны". В последовательных циклах уточнения модель структуры белка улучшается, боковые цепи локализуются согласно известной последовательности аминокислот, и данные пошагово приближаются к более высоким пределам разрешения, в зависимости от повышающегося качества модели. Если пики электронной плотности растворителя появляются в интервалах водородной связи от белковой поверхности, то они будут добавляться к модели. До тех пор, пока правильная или почти правильная структура растворителя не будет включена в анализ, фазовые углы структурного множителя будут смещенными из-за его исключения, что будет приводить к устранению или корректировке электронной плотности растворителя на картах синтеза Фурье.
Первая серьезная попытка интерпретации гидратации белков кристаллографическими методами была проведена в 1979 году на рубредоксине, молекуле, состоящей всего из 54 аминокислот [835]. Уточнение обычными (безусловными) методами наименьших квадратов включало в общей сложности 127 водных участков и сходилось с R-фактором 12.7% при разрешении данных 1.2 Å. Водные атомы кислорода добавлялись к модели, только в том случае, если их температурные факторы были 0.3e/Å3, т.е., соответствовали электронной плотности, ожидаемой для жидкой воды, 0.34 e/Å3.
С тех пор, методы уточнения были значительно улучшены благодаря введению условной минимизации методом наименьших квадратов, которая значительно снижает количество переменных и увеличивает соотношение данные/параметры. Но даже при этом методе водная структура, более удаленная от поверхности белков, обычно выглядит бледно и невыразительно, что делает интерпретацию менее четких областей в пространстве растворителя более неоднозначной или невозможной.
Были исследованы три других рубредоксина, в которых все, или почти все, водные молекулы соответствуют дискретным пикам и, по-видимому, упорядочены. Однако, сложность водородных связей, соединяющих эти пики растворителя, настолько велика, что до настоящего времени не представлялось возможным вывести рациональную схему связывания, аналогичную описанной на рис. 18.5 для гидратов циклодекстрина [835а].
Распределение электронной плотности для молекул растворителя можно улучшить, если в модели учитывать вклад водной массы в рассеивание рентгеновских лучей. Это влияет на данные по интенсивности низкоугловых рентгеновских лучей, которые пропускаются на ранних стадиях уточнения методом наименьших квадратов кристаллических структур белков. Если же эти данные включить в методику уточнения и должным образом учесть, то соотношение сигнал-шум в картах электронной плотности значительно улучшится, и интерпретация участков для молекул растворителя станет более определенной.
Для такого учета вклада массы воды есть два пути. Первый был опробован в анализе волоконной дифракции полинуклеотидов. Он заключается в вычитании вклада массы воды в рассеивание рентгеновских лучей из индивидуальных атомных коэффициентов рассеяния, используемых при структурном анализе [700, 836]. Другой подход включает учет в расчетах электронной плотности постоянной электронной плотности жидкой воды, 0.34 e/Å3. В результате более локализованные атомы растворителя более четко определяются на картах разностей электронной плотности [837].
| English to Russian: Иерархическая наномеханика фибрилл коллагена: моделирование на атомном и молекулярном уровне
General field: Science
Detailed field: Biology (-tech,-chem,micro-) | Source text - English
This chapter describes hierarchical multi-scale modeling of collagenous tissues, with a particular focus on the mechanical properties. Studies focus on elastic behavior, plastic behavior and fracture. Starting at the atomistic scale, we review development and application of a hierarchical multi-scale model that is capable of describing the dynamical behavior of a large number of tropocollagen molecules, reaching length scales of several micrometers and time scales of tens of microseconds. Particular emphasis is on elucidating the deformation mechanisms that operate at various scales, the scale-dependent properties, the effect of specific hierarchical features and length scales (cross-link densities, intermolecular adhesion, etc.) as well as on the effect of addition of mineral platelets during formation of nascent bone. This chapter contains a review of numerical techniques associated with modeling of chemically complex and hierarchical biological tissue, including first principles-based reactive force fields, empirical force fields, large-scale parallelization and visualization methods. A set of scaling relationships are summarized that enable one to predict deformation mechanisms and properties based on atomistic, molecular and other hierarchical features. The results are presented in deformation maps that summarize deformation modes, strength, dissipative properties and elastic behavior for various conditions, providing structure-property relationships for collagenous tissue. This chapter is concluded with a discussion of how insight of nanomechanical behavior at the smallest scales relates with the physiological role of collagen. The significance of universal structural patterns such as the staggered collagen fibril architecture versus specific structures in different collagen tissues is reviewed in light of the question of universality versus diversity of structural components. | Translation - Russian
В этой главе описывается иерархическое мультимасштабное моделирование коллагеновой ткани с особым вниманием на механические свойства. Исследования сосредоточены на упругом поведении, пластическом поведении и разрушении. Начиная с масштаба атомов, мы рассматриваем разработку и применение иерархических мультимасштабных моделей, которые способны описать динамическое поведение большого количества молекул тропоколлагена, достигающих длины в несколько микрометров, во временном интервале в десятки микросекунд. Особое внимание уделяется объяснению механизмов деформации, функционирующих в различных масштабах, зависимости параметров от масштаба, влиянию специфических иерархических особенностей и масштабов длин (плотности поперечных связей, межмолекулярной адгезии и т.д.), равно как и влиянию добавления минеральных пластинок во время формирования зарождающейся костной ткани. Эта глава содержит обзор численных методов, связанных с моделированием химически сложной и иерархической биологической ткани, включая поля основанных на изначальных принципах реактивных сил, эмпирические силовые поля, крупномасштабный параллелизм в обработке данных и методы визуализации. Рассмотрены ряд законов подобия, позволяющих предсказывать механизмы деформации и свойства, основанные на атомистических, молекулярных и других иерархических особенностях. Результаты представлены в деформационных отображениях, суммирующих способы деформации, прочность, рассеивающие свойства и упругое поведение в различных условиях, а также позволяющих выявить зависимости структура-свойства для коллагеновой ткани. Эта глава завершается обсуждением информации о том, каким образом наномеханическое поведение на самых малых масштабах связано с физиологической ролью коллагена. Рассматривается значимость универсальных структурных схем, таких как архитектура фибриллы со сдвигом молекул коллагена, в отношении специфических структур в различных коллагеновых тканях в свете вопроса о взаимосвязи универсальности и разнообразия структурных компонентов. | English to Russian: ПЕРЕКРЕСТНОЕ СВЯЗЫВАНИЕ ДНК И РНК
General field: Science
Detailed field: Biology (-tech,-chem,micro-) | Source text - English
Cross-linking of DNA and RNA provides a means for the study of nucleic acid structure and function. Photochemical cross-linking has been achieved with derivatives of bifunctional photosensitive psoralens.1 Psoralens are a class of furocoumarins which in the presence of long wavelength ultraviolet light (320 to 380 nm) can covalently cross-link pyrimidines in opposite strands of the DNA or RNA double helix. Various psoralen derivatives such as 4,5',8-trimethylpsoralen (TMP), 4'-hydroxymethyl-4,5'-8-trimethylpsoralen (HMT), 4'-aminomethyl-4,5',8-trimethylpsoralen (AMT), isopsoralen and 8-methoxypsoralen (8-MOP) (Figure 1) have been used. These compounds react with DNA and RNA by a two-step mechanism. First, the planar molecule intercalates into the double helical structure of the nucleic acids. Covalent cross-linking is effected by irradiation of the psoralen molecule which reacts primarily with thymidine in DNA and uridine in RNA, although a minor reaction with cytosine also occurs. In this way, psoralens can be used to probe both static and dynamic structural features of the nucleic acids. Psoralens have been used to probe the structure of active nucleolar chromatin,2,3 the secondary structure of RNA in poliovirus and ribonuclease P,4 the hairpin structure of isolated DNA,5 and the interaction of different RNA's6,7 Psoralens have also been used to cross-link DNA probes to target sequences." In this regard, psoralen derivatives have been developed as a nonisotopic nucleic acid probe for gene detection.10,11 A cleavable bis-psoralen, dithiobis(ethylmethylamidoethylmethylaminomethyltrimethylpsoralen), has been prepared by Welsh and Cantor12 to investigate the DNA arrangement inside bacteriophage lambda and animal virus SV40.
In addition to the psoralens, phenyldiglyoxal has been shown to form RNA-RNA crosslinks in addition to protein-RNA linkages.13 Other compounds such as diamminedichloro-platinum (II),14 nitrogen mustards15 and nitroso compounds such as nitrosoureas16 are capable of cross-linking nucleic acids. Although mostly designed as antineoplastic agents, these compounds may be useful for in vitro studies of the nucleic acid structures. Except phenyldiglyoxal and the nitrogen mustards, other bifunctional reagents have not been investigated for their applicability to cross-link nucleic acids. This may be an area for future development. Very interesting structural and functional properties of nucleic acid interactions may be explored by the use of bifunctional cross-linking reagents.
| Translation - Russian
Перекрестное связывание ДНК и РНК дает средство исследования структуры и функции нуклеиновых кислот. Фотохимическое перекрестное связывание достигается производными бифункциональных фоточувствительных псораленов.1 Псоралены являются классом фурокумаринов, которые при облучении длинноволновым ультрафиолетом (320 - 380 нм) могут ковалентно перекрестно связывать пиримидины на противоположных цепочках двойной спирали ДНК или РНК. Используются различные производные псораленов, такие как 4,5',8-триметилпсорален (ТМП), 4'-гидроксиметил-4,5',8-триметилпсорален (ГМТ), 4'-аминометил-4,5',8-триметилпсорален (АМТ), изопсорален и 8-метоксипсорален (8-МОП) (Рисунок 1). Эти соединения реагируют с ДНК и РНК по двухстадийному механизму. Сначала плоская молекула вставляется в двойную спиральную структуру нуклеиновых кислот. Затем образование ковалентных перекрестных связей инициируется облучением молекулы псоралена, которая реагирует прежде всего с тимидином в ДНК и уридином в РНК, хотя происходит также второстепенная реакция с цитозином. Таким образом, псоралены можно использовать для зондирования как статических, так и динамических структурных особенностей нуклеиновых кислот. Псоралены применялись для исследования структуры активного нуклеолярного хроматина,2,3 вторичной структуры РНК в полиовирусе и рибонуклеазе P,4 шпилечных структур изолированной ДНК5 и взаимодействия различных РНК.6,7 Псоралены также использовались для перекрестного связывания ДНК-зондов с целевыми последовательностями.9 В этом плане производные псораленов исследуются как неизотопные зонды нуклеиновых кислот для выявления генов.10,11 Расщепляемый бис-псорален, дитио-бис-(этилметиламидоэтилметиламинометилтриметилпсорален), синтезирован Уэлшем и Кантором12 для исследования структуры ДНК в бактериофаге лямбда и обезьяньем вирусе ОВ40.
Помимо псораленов, показано, что фенилдиглиоксаль формирует перекрестные связи РНК-РНК в дополнение к связыванию РНК с белками.13 Перекрестно связывать нуклеиновые кислоты способны и другие соединения, такие как диаминдихлор-платина (II),14 азотистые иприты15 и нитрозосоединения, например, нитрозомочевины.16 Хотя эти соединения разрабатывались, главным образом, в качестве противоопухолевых средств, они могут быть полезны для исследований структуры нуклеиновых кислот in vitro. Кроме фенилдиглиоксаля и азотистого иприта другие бифункциональные реагенты не исследуются на способность перекрестного связывания нуклеиновых кислот. Это может быть сферой дальнейших исследований. При помощи бифункциональных перекрестно связывающих реагентов можно изучать очень интересные структурные и функциональные свойства взаимодействий нуклеиновых кислот.
| English to Russian: SENS, возможность "незначительного" старения
General field: Science
Detailed field: Genetics | Source text - English
Negligible senescence—the absence of a statistically detectable increase in mortality rate with age—has been demonstrated to exist at least in one metazoan. Hydra. Hydra, a cnidarian, is one of the simplest of metazoans. It can reproduce vegetatively as well as sexually and is basically a bag of stem cells, permeated throughout its body. This virtual absence of a clear distinction between soma and germ line gives the organism almost limitless power to regenerate. This, together with a lack of highly differentiated cells, probably allows it to escape senescence. As discussed in Chapters 2 and 6, the growth centers (meristems) of plants provide an unlimited source of 'stem cells' and a similar open-ended lifespan as in Hydra. This does not mean that mutations do not accumulate in such cells. However, in the absence of differentiated cells with highly specialized functions, deleterious mutations can be efficiently purged from the population by intra-organismal selection, whereas others might even be beneficial and a source of adaptive fitness. | Translation - Russian
Продемонстрировано существование незначительного биологического старения, практически отсутствия статистически заметного увеличения смертности с возрастом, по крайней мере, у одного вида многоклеточных, Hydra. Hydra, книдарии, являются одними из самых простых среди многоклеточных организмов. Они могут размножаться как половым, так и вегетативным путем, и в значительной степени представляют собой мешочек со стволовыми клетками, рассеянными по всему организму. Это фактическое отсутствие четкого различия между соматическими и зародышевыми клетками дает организму почти неограниченную способность к регенерации. Данное обстоятельство, наряду с отсутствием высокодифференцированных клеток, вероятно, позволяет этому организму избегать биологического старения. Как обсуждалось в Главах 2 и 6, центры роста (меристемы) растений являются неограниченным источником "стволовых клеток" и бесконечной продолжительности жизни, как и у Hydra. Это не означает, что в таких клетках мутации не накапливаются. Однако, в отсутствии дифференцированных клеток с высокоспециализированными функциями вредные мутации могут эффективно удаляться из популяции в результате отбора "внутри организма", тогда как другие мутации могут быть даже полезны и становиться источником адаптивной приспособленности. |
More Less | | biophysics_molecular genetics | | Years of translation experience: 6. Registered at ProZ.com: Aug 2009. Became a member: Jun 2011. | | N/A | | N/A | | N/A | | Adobe Acrobat, Microsoft Excel, Microsoft Word, SDL TRADOS | | CV available upon request | | | | About me I've graduated from Novosibirsk state university, faculty of natural sciences in 1979. I worked in All-union research institute of Molecular biology in the township Koltsovo of Novosibirsk area, was engaged in theoretical virology.
Last years I work as the written translator from English on Russian on subjects: Molecular genetics, Molecular biology, Virology, Biochemistry, Pharmacology, Immunology and adjacent areas.
For this time I had translated entirely 4 books (unpublished):
G. A. Jeffrey and W. Saenger, "Hydrogen bonding in biological structures"
Shan S. Wong, "Chemistry of Protein Conjugation and Cross-Linking"
Jan Vijg, "Aging of the Genome - The Dual Role of DNA in Life and Death"
Peter Fratzl, "Collagen Structure and Mechanics"
and the separate chapters from 5 books:
B.A. Gilchrest, V.A. Bohr (Eds), "The Role of DNA Damage and Repair in Cell Aging" (8 chapters)
Patrick Holford, "Optimum Nutrition for the Mind" (22 chapters)
Maurice Edward Shils, Moshe Shike, "Modern Nutrition in Health and Disease" (37 chapters)
Bruno Lunenfeld (Ed), "Textbook of Men’s Health and Aging" (8 chapters)
Emma Keeble and Anna Meredith (eds.) "BSAVA Manual of Rodents and Ferrets" (3 chapters)
Also I have translated a lot of documents and projects of GlaxoSmithKline, Pfizer, Sanofi-aventis, Novartis, Eli Lilly, Jadran Galenski Laboratorij‚ Ivax Pharmaceuticals, Newport Pharmaceuticals and others (through some Moscow translation agencies). | This user has earned KudoZ points by helping other translators with PRO-level terms. Click point total(s) to see term translations provided.
|
|
Keywords: русский, биология, генетика, молекулярная биология, вирусология, English, Russian, translator, Pharmaceuticals, Molecular genetics, Molecular biology, Virology, Biochemistry, Chemistry, Immunology, Physiology, Medicine
 This profile has received 138 visits in the last month,
from a total of 86 visitors
Profile last updated
Feb 9 |
The translation workplace 
Expertise