Le chalut pélagique est un engin de pêche peu sélectif : il capture tout ce qu’il rencontre sur son passage.
Il est donc le principal responsable d’une diminution drastique de la ressource :
en rejetant à la mer des dizaines de milliers de tonnes de poissons (taille trop petite pour la vente, espèces non commercialisables, mélanges d’espèces que le pêcheur n’a pas le temps de trier), ; les rejets peuvent représenter jusqu'à 80% d’un trait de chalut,
en capturant les juvéniles de nombreuses espèces (affaiblissement du renouvellement des stocks),
en pêchant à toutes les profondeurs, il ne laisse plus aucune zone de refuge aux juvéniles ou aux reproducteurs,
en capturant de nombreuses espèces protégées, dont plusieurs milliers de dauphins chaque année.