3\'-most internucleotide linkage

Italian translation: Legame internucleotidico (che si trova) più vicino al 3'

GLOSSARY ENTRY (DERIVED FROM QUESTION BELOW)
English term or phrase:3'-most internucleotide linkage
Italian translation:Legame internucleotidico (che si trova) più vicino al 3'
Entered by: Serena Arduini

18:50 Oct 14, 2018
English to Italian translations [PRO]
Law/Patents - Biology (-tech,-chem,micro-) / brevetto citocheratina
English term or phrase: 3\'-most internucleotide linkage
"Additional oligonucleotides having inverted polarity comprise a single 3' to 3' linkage at the *3'-most* internucleotide linkage i.e. a single inverted nucleoside residue that may be abasic (the nucleobase is missing or has a hydroxyl group in place thereof)."

Questa è la frase intera, e non sono affatto certa della mia interpretazione "n corrispondenza del principale legame internucleotidico 3’"

desideravo una conferma

grazie in anticipo
daria fedele
Italy
Local time: 11:43
Legame internucleotidico (che si trova) più vicino al 3'
Explanation:
Il 3' (tre primo) e 5' (cinque primo) sono le due estremità di sequenze di nucleotidi.

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Note added at 7 hrs (2018-10-15 01:54:06 GMT)
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Ah!!

Leggendo la frase precedente, ho il forte sospetto che il testo si riferisca sia alle estremità degli oligonucleotidi (3' e 5') sia alla posizione in cui i nucleotidi sono legati tra loro (posizioni 1, 2, 3, 4, come qui: http://www.chemgapedia.de/vsengine/vlu/vsc/en/ch/12/oc/vlu_o... )

Cercando, ho trovato questo brevetto, che tratta di oligonucleotidi modificati: https://patents.google.com/patent/WO2005115481A2/en

Alla fine di pagina 22, dice: "Cleavage of RNA or dsRNA by nucleolytic enzymes requires the formation of an enzyme-substrate complex, i.e. a particular nuclease-oligonucleotide complex. The nucleases generally require specific binding sites on the oligonucleotide for appropriate attachment. If the binding sites are removed or blocked, such that the nucleases are unable to attach to the oligonucleotide, the oligonucleotide will become nuclease resistant. This concept is well established particularly for the protection of oligonucleotides from degradation of exonucleases, enzymes that degrade oligonucleotides exclusively from their ends.
The skilled person is aware that the incorporation of, for example, 2'-modified nucleotides, e.g. 2'-O-methylated nucleotides, at, or phosphorothioate linkages between, the two or three 3'-most and/or 5'-most, but particularly 3'-most, nucleotide positions of an oligonucleotide has been shown to be an efficient means for protection against exonucleolytic degradation."

Per caso, l'uso di backbone modificati per questi primer ha lo scopo di aumentarne la stabilità?

Penso che, quando il testo parla di "3' to 3', 5' to 5' or 2' to 2' linkages", si riferisca alla posizione dei legame tra nucleotidi (come qui https://www.biosyn.com/inverted-base-oligonucleotide-synthes... ), mentre quanto parla di "3'-most" si riferisca alla posizione del legame nella sequenza di nucleotidi (da 5' a 3').

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Note added at 14 hrs (2018-10-15 09:46:12 GMT)
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Se è scritto "3'-most" (con l'apostrofo dopo il 3), secondo me sì. Nel contesto, l'alternativa sarebbe che l'espressione si riferisca ad un legame in posizione 3. Però questa ipotesi non ha molto senso.

Se lo scopo è aumentare la specificità di un test (che immagino sia una PCR), l'uso di nucleotidi modificati nelle posizioni terminali dei primer usati per il protocollo B potrebbe diminuire la degradazione dei primer e quindi aiutare a confermare che i prodotti già ottenuti nel protocollo A riflettono effettivamente la presenza delle sequenze che si stavano cercando. Potrebbe avere senso.
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Serena Arduini
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5Legame internucleotidico (che si trova) più vicino al 3'
Serena Arduini


  

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Legame internucleotidico (che si trova) più vicino al 3'


Explanation:
Il 3' (tre primo) e 5' (cinque primo) sono le due estremità di sequenze di nucleotidi.

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Note added at 7 hrs (2018-10-15 01:54:06 GMT)
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Ah!!

Leggendo la frase precedente, ho il forte sospetto che il testo si riferisca sia alle estremità degli oligonucleotidi (3' e 5') sia alla posizione in cui i nucleotidi sono legati tra loro (posizioni 1, 2, 3, 4, come qui: http://www.chemgapedia.de/vsengine/vlu/vsc/en/ch/12/oc/vlu_o... )

Cercando, ho trovato questo brevetto, che tratta di oligonucleotidi modificati: https://patents.google.com/patent/WO2005115481A2/en

Alla fine di pagina 22, dice: "Cleavage of RNA or dsRNA by nucleolytic enzymes requires the formation of an enzyme-substrate complex, i.e. a particular nuclease-oligonucleotide complex. The nucleases generally require specific binding sites on the oligonucleotide for appropriate attachment. If the binding sites are removed or blocked, such that the nucleases are unable to attach to the oligonucleotide, the oligonucleotide will become nuclease resistant. This concept is well established particularly for the protection of oligonucleotides from degradation of exonucleases, enzymes that degrade oligonucleotides exclusively from their ends.
The skilled person is aware that the incorporation of, for example, 2'-modified nucleotides, e.g. 2'-O-methylated nucleotides, at, or phosphorothioate linkages between, the two or three 3'-most and/or 5'-most, but particularly 3'-most, nucleotide positions of an oligonucleotide has been shown to be an efficient means for protection against exonucleolytic degradation."

Per caso, l'uso di backbone modificati per questi primer ha lo scopo di aumentarne la stabilità?

Penso che, quando il testo parla di "3' to 3', 5' to 5' or 2' to 2' linkages", si riferisca alla posizione dei legame tra nucleotidi (come qui https://www.biosyn.com/inverted-base-oligonucleotide-synthes... ), mentre quanto parla di "3'-most" si riferisca alla posizione del legame nella sequenza di nucleotidi (da 5' a 3').

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Note added at 14 hrs (2018-10-15 09:46:12 GMT)
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Se è scritto "3'-most" (con l'apostrofo dopo il 3), secondo me sì. Nel contesto, l'alternativa sarebbe che l'espressione si riferisca ad un legame in posizione 3. Però questa ipotesi non ha molto senso.

Se lo scopo è aumentare la specificità di un test (che immagino sia una PCR), l'uso di nucleotidi modificati nelle posizioni terminali dei primer usati per il protocollo B potrebbe diminuire la degradazione dei primer e quindi aiutare a confermare che i prodotti già ottenuti nel protocollo A riflettono effettivamente la presenza delle sequenze che si stavano cercando. Potrebbe avere senso.

Serena Arduini
Ireland
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Asker: ringraziando ambedue per i suggerimenti, posto la frase immediatamente precedente: "Accordingly, the invention encompasses primers and primer pairs in wich one or both primers include modified oligonucleotide backbones. Such backbones include phosphorothioates, chiralphosphorothioates, phosphorodithioates, phosphotriesters, aminoalkylphosphotri-esters, methyl and other alkyl phosphonates including 3'-alkylene phosphonates, 5'-alkylene phosphonates and chiral phosphonates, phosphinates, phosphoramidates including 3'-amino phosphoramidate and aminoalkylphosphoramidates, thionophosphoramidates, thionoalkylphosphonates, thionoalkylphosphotriesters, selenophosphates and borano-phosphates having normal 3'-5' linkages, 2'-5' linked analogs of these, and those having inverted polarity wherein one or more internucleotide linkages is a 3' to 3', 5' to 5' or 2' to 2' linkage."

Asker: grazie....ho le idee un pò più chiare. Lo scopo è aumentare la specificità del test svolgendo un "protocollo B" con tali primer da applicare per dissipare la "zona grigia" di falsi negativi risultante dal "protocollo A". Quindi secondo te 3'-most è terza posizione?

Asker: oh si....le tue conclusioni finali hanno certamente senso. Ti ringrazio tantissimo per l'aiuto e l'approfondimento ma non ho capito per quale motivo texas abbia tolto la sua prima risposta, che a questo punto sarebbe da inserire nel glossario!

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