Oct 28, 2004 15:41
20 yrs ago
1 viewer *
English term
amplification refractory mutation system (ARMS)
English to Russian
Science
Biology (-tech,-chem,micro-)
Встретилось в подписи под картинкой:
The rapid prenatal diagnosis of b-thalassaemia by ‘mismatched PCR’ amplification refractory mutation system (ARMS). One parent has the common Mediterranean codon 39 (CD-39) mutation, the other the IVS1-110 G®A mutation. The fetus is heterozygous for the CD-39 mutation.
Описание метода есть вот тут: http://www2.westminster.ac.uk/~redwayk/lectures/pcr.htm
Насколько я поняла, термины "mismatched PCR [amplification]" и "amplification refractory mutation system" употребляются то как синонимы аллель-специфической ПЦР, то для обозначения конкретного варианта метода или тест-системы. По-русски в сети нашла только "ARMS-ПЦР". Но у нас такой вариант не прокатит, это точно :)
Что бы вы предложили в качестве перевода? Словотворчество приветствуется :)
Спасибо
The rapid prenatal diagnosis of b-thalassaemia by ‘mismatched PCR’ amplification refractory mutation system (ARMS). One parent has the common Mediterranean codon 39 (CD-39) mutation, the other the IVS1-110 G®A mutation. The fetus is heterozygous for the CD-39 mutation.
Описание метода есть вот тут: http://www2.westminster.ac.uk/~redwayk/lectures/pcr.htm
Насколько я поняла, термины "mismatched PCR [amplification]" и "amplification refractory mutation system" употребляются то как синонимы аллель-специфической ПЦР, то для обозначения конкретного варианта метода или тест-системы. По-русски в сети нашла только "ARMS-ПЦР". Но у нас такой вариант не прокатит, это точно :)
Что бы вы предложили в качестве перевода? Словотворчество приветствуется :)
Спасибо
Proposed translations
(Russian)
Proposed translations
+1
2 hrs
Selected
Метод неамплифицируемых праймеров
В порядке словотворчества :-)
Я по вашей ссылке не ходил, я вчитывался в статью, где этот метод впервые предложили. Идея там в том (может, повторю ваш сайт), чтобы кидать два типа праймеров - обычные и те, которые отличаются одним 3'-нуклеотидом. Тогда полимераза, используемая для достройки цепи (а она должна не уметь чинить такие мутации; к таким относится, например, Taq-полимераза), не сможет начать синтез с того праймера, где 3'-нуклеотид не комплементарен цепи ДНК.
Отличия по 3'-нуклеотиду авторы называли мутациями (что плохо), которые были amplification refractory.
Получается что-то вроде метода неамплифицируемых праймеров.
(только я бы все равно не стал изобретать велосипед, а оставил латиницей - уж простите).
Я по вашей ссылке не ходил, я вчитывался в статью, где этот метод впервые предложили. Идея там в том (может, повторю ваш сайт), чтобы кидать два типа праймеров - обычные и те, которые отличаются одним 3'-нуклеотидом. Тогда полимераза, используемая для достройки цепи (а она должна не уметь чинить такие мутации; к таким относится, например, Taq-полимераза), не сможет начать синтез с того праймера, где 3'-нуклеотид не комплементарен цепи ДНК.
Отличия по 3'-нуклеотиду авторы называли мутациями (что плохо), которые были amplification refractory.
Получается что-то вроде метода неамплифицируемых праймеров.
(только я бы все равно не стал изобретать велосипед, а оставил латиницей - уж простите).
Peer comment(s):
agree |
Elena Ivaniushina
: мне нравится -- достаточно ясно. А английскую аббревиатуру можно в скобочках дать
3 hrs
|
neutral |
recobra
: Очень красиво и лаконично, но не совсем точно - праймеры и так никогда не амплифицируются, они инициируют синтез. Правильнее было бы сказать "неамплифицирющих", А что, используют же для RAPD название "метод случайных праймеров" - и живет.
4 hrs
|
Неправда ваша - праймеры амплифицируются - вместе с тем участком ДНК, который они с двух сторон ограничивают :-) Но я тоже думал над этой проблемой: действительно, нам ведь не только праймеры, нам ведь весь участок ДНК амплифицировать надо...
|
4 KudoZ points awarded for this answer.
Comment: "Дрюня, рекобра, Анна, Натали и Аля -- всем спасибо за обсуждение. Вопрос вылеживается в моей голове :) Однако мне изрядно надоели почтовые напоминания о том, что его пора закрыть. Приз Дрюне за неординарность :) Еще раз всем спасибо!"
51 mins
склонная к ошибкам ПЦР, амплификационная рефракторная система для выявления мутаций
amplification refractory mutation system - амплификационная рефракторная система для выявления мутаций
"Мутантные последовательности не удалось получить из материнской сыворотки путем ПЦР клонирования, однако их выборочно размножили, используя амплификационную рефракторную систему для выявления мутаций"
http://www.hepatit.ru/reviews/Mutants.doc
mismatched PCR
я знаю другое выражение: mismatched reparation, оно переводится как "склонная к ошибкам репарация"
--------------------------------------------------
Note added at 1 hr 47 mins (2004-10-28 17:28:49 GMT)
--------------------------------------------------
прошу прощения, mismatch repair - это репарация неспаренных (или ошибочно спаренных) оснований. Подзабыл терминологию, уж 20 лет прошло, с тех пор, как я этим занимался.
--------------------------------------------------
Note added at 5 hrs 2 mins (2004-10-28 20:43:53 GMT)
--------------------------------------------------
Не нравится, \"как люди пишут\"?
Предлагаю своими словами:
диагностика талассемии при помощи [метода] ПЦР-амплификации с набором аллель-специфических праймеров (ARMS), [позволяющего выявлять точковые мутации]
--------------------------------------------------
Note added at 6 hrs 58 mins (2004-10-28 22:39:39 GMT)
--------------------------------------------------
Asker: Еще пища для размышлений: - В мой контекст идеально бы встроилась конструкция
...в пренатальной диагностике ... применяют аллель-специфическую ПЦР, а именно бла-бла-бла (и в скобках англ. аббревиатура)...
вариант:
...в пренатальной диагностике, для выявления [точковых, генных]мутаций применяют ПЦР с набором специфических праймеров, комплементарных к мутантному и нормальному аллелям (метод ARMS-PCR). [Метод позволяет обнаруживать как гомо-, так и гетерозиготных носителей мутации.]
"Мутантные последовательности не удалось получить из материнской сыворотки путем ПЦР клонирования, однако их выборочно размножили, используя амплификационную рефракторную систему для выявления мутаций"
http://www.hepatit.ru/reviews/Mutants.doc
mismatched PCR
я знаю другое выражение: mismatched reparation, оно переводится как "склонная к ошибкам репарация"
--------------------------------------------------
Note added at 1 hr 47 mins (2004-10-28 17:28:49 GMT)
--------------------------------------------------
прошу прощения, mismatch repair - это репарация неспаренных (или ошибочно спаренных) оснований. Подзабыл терминологию, уж 20 лет прошло, с тех пор, как я этим занимался.
--------------------------------------------------
Note added at 5 hrs 2 mins (2004-10-28 20:43:53 GMT)
--------------------------------------------------
Не нравится, \"как люди пишут\"?
Предлагаю своими словами:
диагностика талассемии при помощи [метода] ПЦР-амплификации с набором аллель-специфических праймеров (ARMS), [позволяющего выявлять точковые мутации]
--------------------------------------------------
Note added at 6 hrs 58 mins (2004-10-28 22:39:39 GMT)
--------------------------------------------------
Asker: Еще пища для размышлений: - В мой контекст идеально бы встроилась конструкция
...в пренатальной диагностике ... применяют аллель-специфическую ПЦР, а именно бла-бла-бла (и в скобках англ. аббревиатура)...
вариант:
...в пренатальной диагностике, для выявления [точковых, генных]мутаций применяют ПЦР с набором специфических праймеров, комплементарных к мутантному и нормальному аллелям (метод ARMS-PCR). [Метод позволяет обнаруживать как гомо-, так и гетерозиготных носителей мутации.]
5 hrs
амплификация рефрактерной мутационной системы
Сразу приведу источник, поскольку термин не я переводила, а позаимствовала. Но вроде источник достоин уважения и доверия.http://www.medgen.ru/rsmg/conf3.htm
Институт акушерства и гинекологии им. Д.О.Отта
В настоящее время доступны для молекулярной диагностике более 300 наследственных заболеваний. Около 50 из них диагностируются в России Свыше 15 наиболее распространенных моногенных болезней диагностируется непосредственно в НИИАиГ им.Д.О.Отта РАМН. Пренатальная диагностика таких наиболее частых наследственных болезней как муковисцидоз, гемофилия А, миодистрофия Дюшенна, феникетонурия, синдром ломкой Х-хромосомы впервые в России была осуществлена именно в лаборатории пренатальной диагностики этого института, которая до сих является единственным Федеральным центром страны по пренатальной диагностике муковисцидоза.
Всего к концу 2000 году нами проведено 594 пренатальных диагностик моногенных болезней. В 177 случаях диагноз заболевания был установлен и беременности рекомендовалось прервать. Существенно, что остальные обследованные женщины семей высокого риска, то есть имеющих в анамнезе эти заболевания, в результате проведенной диагностики получили реальный шанс с уверенность родить здорового ребенка.
В России уже доступны молекулярной диагностике практически все генные болезни, для которых хорошо налажены клиническая или медико-генетическая диагностика.
в результате гибридизации между однонитевыми молекулами эталонной и тестируемой
Идентификация известных мутаций
В настоящее время идентифицированы сотни генов, мутации, которых приводят к различным моногенным и мультифакториальным заболеваниям. Разработаны оптимальные алгоритмы молекулярной диагностики и эффективные методы идентификации уже известных мутаций.
Концептуально близким к этому варианту является метод "амплификации рефрактерной мутационной системы" - amplification refractory mutation system - ARMS. Суть метода заключается в одновременной постановке двух ПЦР, для каждой из которых одним из праймеров служит аллель-специфическая мутантная или нормальная олигонуклеотидная последовательность, соответственно. При наличии мутации в исследуемой ДНК амплифицированные фрагменты образуются только в том случае, если в качестве аллель-специфического праймера выбирается мутантная последовательность, тогда как при использовании нормального олигонуклеотидного праймера ПЦР блокируется. Метод нашел широкое применение для детекции мутаций при фенилкетонурии, бета-талассемии, муковисцидозе, при типировании генов HLA системы. Несомненным преимуществом данного метода является возможность применения полностью автоматического сканирования.
Вот научные разработки- тут называют "два независимых метода ПЦР ( мне кажется, они так назвали by ‘mismatched PCR’ , поскольку если нерезультаты не совпадают, то......, и т.д.
http://www.extech.msk.su/regions/medicin/02/02_10.htm
Наименование законченной разработки: Создание диагностикумов для детекции мажорной мутации AF508 в гене, ответственном за развитие муковисцидоза.
Предлагается разработать диагностикум для выявления делеции AF508 двумя независимыми методами, основанными на полимеразной цепной реакции (ПЦР): методом аллель-специфической ПНР и гетеродуплексным анализом
8.1.1. По отношениею к лучшим отечественным и мировым образцам (соответствует или превосходит, указать какие): В настоящий момент, по нашим сведениям, в России диагностика делеции AF508 проводится в медико-генетических центрах Москвы, Санкт-Петербурга и Томска только одним из использованных нами методов - путем разделения продуктов ПЦР по размеру в полиакриламидном геле, который весьма трудоемок и требует значительной квалификации персонала. Использование в диагностикуме, наряду с вышеупомянутым подходом, принципиально нового анализа на основе аллель-специфической ПЦР позволяет значительно упростить процедуру анализа, повысить его чувствительность и воспроизводимость.
8.1.2. По отношению к лучшим мировым образцам: Предлагаемый диагностикум сопоставим по характеристикам с набором ARMS Multiplex Test фирмы ICI Diagnostics.
--------------------------------------------------
Note added at 11 hrs 59 mins (2004-10-29 03:40:13 GMT)
--------------------------------------------------
Раз Вас не устроила версия из литературы, рискну попробовать и \"заняться словотворчеством\".
*АЛЛЕЛЬ-СПЕЦИФИЧЕСКАЯ ПЦР, ДЕМОНСТРИРУЮЩАЯ НЕСОВПАДЕНИЕ (несоответствие) АМПЛИФИКАЦИИ УЧАСТКОВ ДНК В СВЯЗИ С НАЛИЧИЕМ МУТАЦИИ ПРИ ИССЛЕДОВАНИИ В УСТОЙЧИВОЙ (рефрактерной, консервативной)ТЕСТ - СИСТЕМЕ*
Лишние слова, естественно, убрать, но основное- (простыми словами) - должна быть амплификация ( или ее не обнаруживают в связи с мутацией)по несовпадению парных гибридозаций участков ДНК. Действительно, это не система \"мутационная\" (не моя вина, что люди пишут)- а система для определения (тест-система). Насколько я поняла- она должна быть очень стойкой, консервативной, рефрактерной-изначально, чтобы реакцию можно было принять всерьез.
Из ссылки, которую я привела выше (1)- *универсальным методом детекции является метод аллель-специфических олигонуклеотидов (ASO), который включает амплификацию фрагментов ДНК и последующую гибридизацию с мечеными аллель-специфическими нуклеотидами. Для этого синтезируют 2 типа олигонуклеотидных последовательностей, в кот. мутантный сайт занимает центр. положение. Каждый из этих зондов комплиментарен норм. или мутантному вариантам ДНК, соответственно. Условия гибридизации подбираются таким образом, чтобы стабильные дуплексы образовывались только при полной комплементарности гибридных пар.*
http://doctor.aznet.org/doctor/pcr/metodrekom.htm
Поскольку наращивание дочерних нитей ДНК должно идти одновременно на обеих цепях материнской ДНК, то для репликации второй цепи также требуется свой праймер. Таким образом, в реакционную смесь вносятся два праймера: один для “+”-цепи, второй для “-”-цепи. Присоединившись к противоположным цепям молекулы ДНК, праймеры ограничивают собой тот ее участок, который будет в дальнейшем многократно удвоен или амплифицирован. Длина такого фрагмента, который называется ампликоном, обычно составляет несколько сот нуклеотидов.
Разработка праймеров для ПЦР является самым ответственным звеном в создании диагностикума. Требуется подобрать такой фрагмент молекулы ДНК, который бы отличался генетической консервативностью и присутствовал бы только у интересующего вида микроорганизмов или в исследуемом гене. При этом длина такого фрагмента должна составлять 15-30 нуклеотидов. Проделать эту работу помогают специальные компьютерные программы, использующие информацию о нуклеотидной последовательности известных микроорганизмов или генов человека. Получить подобную информацию можно из международных компьютерных банков данных (Gen bank, EMBL) через сеть Internet. Синтез праймера по заданной последовательности нуклеотидов не представляет технической сложности и осуществляется в автоматических синтезаторах.
Хотя при конструировании тест-системы фрагмент генома, используемый для амплификации, выбирается из высоко консервативной области, изменчивость микроорганизмов может приводить к тому, что некоторые генотипы или штаммы исследуемого возбудителя могут приобретать мутации в амплифицируемом участке генома, и, таким образом, становиться неуловимыми данной тест-системой.
Последние два пункта важны для разработчиков ПЦР-диагностикумов. В настоящее время разработаны стандарты, регламентирующие объем испытаний (включая проверку на перекрестные реакции), которые должна выдержать тест-система, прежде чем она попадет на рынок.
Институт акушерства и гинекологии им. Д.О.Отта
В настоящее время доступны для молекулярной диагностике более 300 наследственных заболеваний. Около 50 из них диагностируются в России Свыше 15 наиболее распространенных моногенных болезней диагностируется непосредственно в НИИАиГ им.Д.О.Отта РАМН. Пренатальная диагностика таких наиболее частых наследственных болезней как муковисцидоз, гемофилия А, миодистрофия Дюшенна, феникетонурия, синдром ломкой Х-хромосомы впервые в России была осуществлена именно в лаборатории пренатальной диагностики этого института, которая до сих является единственным Федеральным центром страны по пренатальной диагностике муковисцидоза.
Всего к концу 2000 году нами проведено 594 пренатальных диагностик моногенных болезней. В 177 случаях диагноз заболевания был установлен и беременности рекомендовалось прервать. Существенно, что остальные обследованные женщины семей высокого риска, то есть имеющих в анамнезе эти заболевания, в результате проведенной диагностики получили реальный шанс с уверенность родить здорового ребенка.
В России уже доступны молекулярной диагностике практически все генные болезни, для которых хорошо налажены клиническая или медико-генетическая диагностика.
в результате гибридизации между однонитевыми молекулами эталонной и тестируемой
Идентификация известных мутаций
В настоящее время идентифицированы сотни генов, мутации, которых приводят к различным моногенным и мультифакториальным заболеваниям. Разработаны оптимальные алгоритмы молекулярной диагностики и эффективные методы идентификации уже известных мутаций.
Концептуально близким к этому варианту является метод "амплификации рефрактерной мутационной системы" - amplification refractory mutation system - ARMS. Суть метода заключается в одновременной постановке двух ПЦР, для каждой из которых одним из праймеров служит аллель-специфическая мутантная или нормальная олигонуклеотидная последовательность, соответственно. При наличии мутации в исследуемой ДНК амплифицированные фрагменты образуются только в том случае, если в качестве аллель-специфического праймера выбирается мутантная последовательность, тогда как при использовании нормального олигонуклеотидного праймера ПЦР блокируется. Метод нашел широкое применение для детекции мутаций при фенилкетонурии, бета-талассемии, муковисцидозе, при типировании генов HLA системы. Несомненным преимуществом данного метода является возможность применения полностью автоматического сканирования.
Вот научные разработки- тут называют "два независимых метода ПЦР ( мне кажется, они так назвали by ‘mismatched PCR’ , поскольку если нерезультаты не совпадают, то......, и т.д.
http://www.extech.msk.su/regions/medicin/02/02_10.htm
Наименование законченной разработки: Создание диагностикумов для детекции мажорной мутации AF508 в гене, ответственном за развитие муковисцидоза.
Предлагается разработать диагностикум для выявления делеции AF508 двумя независимыми методами, основанными на полимеразной цепной реакции (ПЦР): методом аллель-специфической ПНР и гетеродуплексным анализом
8.1.1. По отношениею к лучшим отечественным и мировым образцам (соответствует или превосходит, указать какие): В настоящий момент, по нашим сведениям, в России диагностика делеции AF508 проводится в медико-генетических центрах Москвы, Санкт-Петербурга и Томска только одним из использованных нами методов - путем разделения продуктов ПЦР по размеру в полиакриламидном геле, который весьма трудоемок и требует значительной квалификации персонала. Использование в диагностикуме, наряду с вышеупомянутым подходом, принципиально нового анализа на основе аллель-специфической ПЦР позволяет значительно упростить процедуру анализа, повысить его чувствительность и воспроизводимость.
8.1.2. По отношению к лучшим мировым образцам: Предлагаемый диагностикум сопоставим по характеристикам с набором ARMS Multiplex Test фирмы ICI Diagnostics.
--------------------------------------------------
Note added at 11 hrs 59 mins (2004-10-29 03:40:13 GMT)
--------------------------------------------------
Раз Вас не устроила версия из литературы, рискну попробовать и \"заняться словотворчеством\".
*АЛЛЕЛЬ-СПЕЦИФИЧЕСКАЯ ПЦР, ДЕМОНСТРИРУЮЩАЯ НЕСОВПАДЕНИЕ (несоответствие) АМПЛИФИКАЦИИ УЧАСТКОВ ДНК В СВЯЗИ С НАЛИЧИЕМ МУТАЦИИ ПРИ ИССЛЕДОВАНИИ В УСТОЙЧИВОЙ (рефрактерной, консервативной)ТЕСТ - СИСТЕМЕ*
Лишние слова, естественно, убрать, но основное- (простыми словами) - должна быть амплификация ( или ее не обнаруживают в связи с мутацией)по несовпадению парных гибридозаций участков ДНК. Действительно, это не система \"мутационная\" (не моя вина, что люди пишут)- а система для определения (тест-система). Насколько я поняла- она должна быть очень стойкой, консервативной, рефрактерной-изначально, чтобы реакцию можно было принять всерьез.
Из ссылки, которую я привела выше (1)- *универсальным методом детекции является метод аллель-специфических олигонуклеотидов (ASO), который включает амплификацию фрагментов ДНК и последующую гибридизацию с мечеными аллель-специфическими нуклеотидами. Для этого синтезируют 2 типа олигонуклеотидных последовательностей, в кот. мутантный сайт занимает центр. положение. Каждый из этих зондов комплиментарен норм. или мутантному вариантам ДНК, соответственно. Условия гибридизации подбираются таким образом, чтобы стабильные дуплексы образовывались только при полной комплементарности гибридных пар.*
http://doctor.aznet.org/doctor/pcr/metodrekom.htm
Поскольку наращивание дочерних нитей ДНК должно идти одновременно на обеих цепях материнской ДНК, то для репликации второй цепи также требуется свой праймер. Таким образом, в реакционную смесь вносятся два праймера: один для “+”-цепи, второй для “-”-цепи. Присоединившись к противоположным цепям молекулы ДНК, праймеры ограничивают собой тот ее участок, который будет в дальнейшем многократно удвоен или амплифицирован. Длина такого фрагмента, который называется ампликоном, обычно составляет несколько сот нуклеотидов.
Разработка праймеров для ПЦР является самым ответственным звеном в создании диагностикума. Требуется подобрать такой фрагмент молекулы ДНК, который бы отличался генетической консервативностью и присутствовал бы только у интересующего вида микроорганизмов или в исследуемом гене. При этом длина такого фрагмента должна составлять 15-30 нуклеотидов. Проделать эту работу помогают специальные компьютерные программы, использующие информацию о нуклеотидной последовательности известных микроорганизмов или генов человека. Получить подобную информацию можно из международных компьютерных банков данных (Gen bank, EMBL) через сеть Internet. Синтез праймера по заданной последовательности нуклеотидов не представляет технической сложности и осуществляется в автоматических синтезаторах.
Хотя при конструировании тест-системы фрагмент генома, используемый для амплификации, выбирается из высоко консервативной области, изменчивость микроорганизмов может приводить к тому, что некоторые генотипы или штаммы исследуемого возбудителя могут приобретать мутации в амплифицируемом участке генома, и, таким образом, становиться неуловимыми данной тест-системой.
Последние два пункта важны для разработчиков ПЦР-диагностикумов. В настоящее время разработаны стандарты, регламентирующие объем испытаний (включая проверку на перекрестные реакции), которые должна выдержать тест-система, прежде чем она попадет на рынок.
3 days 2 hrs
-
А может быть, написать так:
...в пренатальной диагностике бета-талассемий используется амплификационная система для идентификации мутаций (ARMS) c использованием в реакции ПЦР двух затравок, различающихся по 3'-концевому нуклеотиду ("mismatched PCR")
----------------------------------------------
Аmplification refractory mutation system - амплификационная система для идентификации мутаций. Один из подходов в применении метода полимеразной цепной реакции <polymerase chain reaction> для идентификации мутантных аллелей, основан на том, что затравкой для амплификации может быть только такой олигонуклеотид, 3'-концевой нуклеотид которого комплементарен гомологичному нуклеотиду в анализирумой последовательности, т.е. для эффективной диагностики достаточно двух затравок, различающихся по 3'-концевому нуклеотиду в соответствии с анализируемой мутацией.
http://www.labinfo.ru/bibl/slov/a04.htm
...в пренатальной диагностике бета-талассемий используется амплификационная система для идентификации мутаций (ARMS) c использованием в реакции ПЦР двух затравок, различающихся по 3'-концевому нуклеотиду ("mismatched PCR")
----------------------------------------------
Аmplification refractory mutation system - амплификационная система для идентификации мутаций. Один из подходов в применении метода полимеразной цепной реакции <polymerase chain reaction> для идентификации мутантных аллелей, основан на том, что затравкой для амплификации может быть только такой олигонуклеотид, 3'-концевой нуклеотид которого комплементарен гомологичному нуклеотиду в анализирумой последовательности, т.е. для эффективной диагностики достаточно двух затравок, различающихся по 3'-концевому нуклеотиду в соответствии с анализируемой мутацией.
http://www.labinfo.ru/bibl/slov/a04.htm
Discussion
...� ����������� ����������� ... ������� �����-���������� ���, � ������ ���-���-��� (� � ������ ����. ������������)...
��� ��� ����� ������, ��� �� ����� ������� ����� ��� ���� ������������ (ARMS), � ��� ���-�� ��� �� ��� ��� ����� �������, �������� ������� ����� ����� ��������� ���� ����� (��� ������, ����� �� �����).