ambiguity code

Polish translation: kod IUPAC dla nukleotydów zdegenerowanych

Login or register (free and only takes a few minutes) to participate in this question.

You will also have access to many other tools and opportunities designed for those who have language-related jobs (or are passionate about them). Participation is free and the site has a strict confidentiality policy.

19:00 Dec 13, 2016
English to Polish translations [PRO]
Science - Genetics
English term or phrase: ambiguity code
The meaning of the letters such as N, B, S or K is defined by the IUPAC nucleotide ambiguity code.
bettys
Poland
Local time: 12:13
Polish translation:kod IUPAC dla nukleotydów zdegenerowanych
Explanation:
Zgodnie z kodem IUPAC motyw ten można zapisać jako sekwencje „STATAWARRSSSS”
gdzie S = G lub C; W = A lub T; R = A lub G.

http://www.cellab.polsl.pl/resources/Rozprawa_doktorska_Jaks...

W sekwencji otrzymanej w wyniku sekwencjonowania moich próbek znajdują się litery inne niż A, C, T, G. Co one oznaczają?

Są to symbole zdegenerowanych zasad. Oznacza to, że w próbce przysłąnej do sekwencjonowania znajduje się więcej niż jeden rodzaj cząsteczek DNA, różniących sie zasadą oznaczoną takim symbolem. Jest to tzw. kod IUPAC.
Kod
IUPAC nukleotyd w
sekwencji
M A lub C
R A lub G
W A lub T
S C lub G
Y C lub T
K G lub T
N A lub C lub G lub T
http://www.genomed.pl/index.php/pl/faq

Drugi typ to tzw. nukleotydy zdegenerowane, które potrafią hybrydyzować z więcej
niż z jednym nukleotydem. Wśród nich można wyróżnić nukleotydy:
❼ silne, oznaczane literą S, zdolne do hybrydyzacji z nukleotydami C i G,
❼ słabe, oznaczane literą W, zdolne do hybrydyzacji z nukleotydami A i T,
❼ purynowe, oznaczane literą R, zdolne do hybrydyzacji z nukleotydami A i G,
❼ pirymidynowe, oznaczane literą Y, zdolne do hybrydyzacji z nukleotydami C i T

http://repozytorium.put.poznan.pl/Content/297669/Kamil_Julia...
Selected response from:

Marceli Ragan
Poland
Local time: 12:13
Grading comment
4 KudoZ points were awarded for this answer



Summary of answers provided
4kod IUPAC dla nukleotydów zdegenerowanych
Marceli Ragan
3degeneracja kodu genetycznego/nadmiarowość kodu genetycznego,
Frank Szmulowicz, Ph. D.


  

Answers


9 hrs   confidence: Answerer confidence 3/5Answerer confidence 3/5
degeneracja kodu genetycznego/nadmiarowość kodu genetycznego,


Explanation:
Degenerate base symbols in biochemistry are an IUPAC[2] representation for a position on a DNA sequence that can have multiple possible alternatives. These should not be confused with non-canonical bases because each particular sequence will have in fact one of the regular bases. These are used to encode the consensus sequence of a population of aligned sequences and are used for example in phylogenetic analysis to summarise into one multiple sequences or for BLAST searches, even though IUPAC degenerate symbols are masked (as they are not coded).
Under the commonly used IUPAC system, nucleobases are represented by the first letters of their chemical names: [G]uanine, [C]ytosine, [A]denine, and [T]hymine.[1] This shorthand also includes eleven "ambiguity" characters associated with every possible combination of the four DNA bases.[3] The ambiguity characters were designed to encode positional variations found among families of related genes. The IUPAC notation, including ambiguity characters and suggested mnemonics, is shown in Table 1.
https://en.wikipedia.org/wiki/Nucleic_acid_notation

ccc
Zdegenerowany
64 kodony kodują tylko 20 aminokwasów. Dlatego kolejną cechą kodu jest jego degeneracja. Kod jest zdegenerowany, co oznacza, że jeden aminokwas może być kodowany przez kilka kodonów. Zatem jeden aminokwas może być kodowany przez jeden, dwa, trzy, cztery, nawet 6 trójek (leucyna). Lecz nie oznacza to, że dany kodon może kodować więcej niż jeden aminokwas. Np. alanina kodowana jest przez następujące trójki : GAG, GAA, GAC, GAU.
http://www.biologia.net.pl/genetyka/kod-genetyczny.html
cccccccccccccccc

Polega na degeneracja kodu genetycznego polega na tym, że jeden aminokwas może być kodowany przez różne kodony (trójki nukleotydów), np. seryna jest kodowana przez 6 różnych kodonów: UCU, UCC, UCA, UCG, AGU i AGC.
http://zapytaj.onet.pl/Category/006,001/2,21861613,Na_czym_p...
cccccccccccccccccc

degeneracja kodu genetycznego, nadmiarowość kodu genetycznego, przejawiająca się tym, że określony aminokwas jest kodowany przez więcej niż jeden kodon (kodony synonimiczne).
http://encyklopedia.pwn.pl/haslo/degeneracja-kodu-genetyczne...

Frank Szmulowicz, Ph. D.
United States
Local time: 06:13
Native speaker of: Native in EnglishEnglish, Native in PolishPolish
PRO pts in category: 12
Login to enter a peer comment (or grade)

15 hrs   confidence: Answerer confidence 4/5Answerer confidence 4/5
kod IUPAC dla nukleotydów zdegenerowanych


Explanation:
Zgodnie z kodem IUPAC motyw ten można zapisać jako sekwencje „STATAWARRSSSS”
gdzie S = G lub C; W = A lub T; R = A lub G.

http://www.cellab.polsl.pl/resources/Rozprawa_doktorska_Jaks...

W sekwencji otrzymanej w wyniku sekwencjonowania moich próbek znajdują się litery inne niż A, C, T, G. Co one oznaczają?

Są to symbole zdegenerowanych zasad. Oznacza to, że w próbce przysłąnej do sekwencjonowania znajduje się więcej niż jeden rodzaj cząsteczek DNA, różniących sie zasadą oznaczoną takim symbolem. Jest to tzw. kod IUPAC.
Kod
IUPAC nukleotyd w
sekwencji
M A lub C
R A lub G
W A lub T
S C lub G
Y C lub T
K G lub T
N A lub C lub G lub T
http://www.genomed.pl/index.php/pl/faq

Drugi typ to tzw. nukleotydy zdegenerowane, które potrafią hybrydyzować z więcej
niż z jednym nukleotydem. Wśród nich można wyróżnić nukleotydy:
❼ silne, oznaczane literą S, zdolne do hybrydyzacji z nukleotydami C i G,
❼ słabe, oznaczane literą W, zdolne do hybrydyzacji z nukleotydami A i T,
❼ purynowe, oznaczane literą R, zdolne do hybrydyzacji z nukleotydami A i G,
❼ pirymidynowe, oznaczane literą Y, zdolne do hybrydyzacji z nukleotydami C i T

http://repozytorium.put.poznan.pl/Content/297669/Kamil_Julia...

Marceli Ragan
Poland
Local time: 12:13
Specializes in field
Native speaker of: Native in PolishPolish
PRO pts in category: 12
Login to enter a peer comment (or grade)



KudoZ™ translation help

The KudoZ network provides a framework for translators and others to assist each other with translations or explanations of terms and short phrases.


See also:

Your current localization setting

English

Select a language

Term search
  • All of ProZ.com
  • Term search
  • Jobs
  • Forums
  • Multiple search