rescue, rescue arm

22:56 Jun 22, 2018 

по сути получается "контрольный эксперимент с восстановлением исходного фенотипа"

22:55 Jun 22, 2018 

How can I rescue the phenotype of my gene after knockdown using shRNA (to show the specificity of the shRNA)?

You can rescue the phenotype of the gene by over-expression of a cDNA or introducing large amounts of protein into the cell to out-compete the knockdown.
http://dharmacon.horizondiscovery.com/resources/faqs/how-res...

22:53 Jun 22, 2018 

не знаю, я все же склонен к какому-то аналогу "положительного контроля", поскольку суть в подтверждении эффекта РНК-интерференции путем его снятия

Вместо внесения может быть и индуцированная сверхэкспрессия того же гена
Rescue experiments are always tricky but I'd be concerned about reviewing something which suddenly switched to an overexpressing line with transient knockdown when you have a stable knockdown already available which you simply need to re-express your protein in.
https://www.researchgate.net/post/Can_anyone_help_me_regardi...


https://www.researchgate.net/post/Rescue_Experiment_to_exclu...

22:42 Jun 22, 2018 

Так и здесь ведь внесение - типа donation

22:35 Jun 22, 2018 

и как все-таки с rescue arm обойтись

The rescue arm of knock-down and add back experiments would
be most simply performed...

Не дочитал )
там помощь скорее относится к donation

22:24 Jun 22, 2018 

А-а, дошло :-) Ну да, ген в данном случае вносится, но все равно ведь "growth inhibition was rescued" - ингибирование роста сохранялось

Вот нашла еще, что народ употребляет в аналогичных случаях слово "помощь":
plasmid donation (rescue), homologous drift - плазмидная “помощь”. Процесс перемещения неконъюгативных плазмид <non-conjugative plasmid> из клетки-донора в клетку-реципиент...
http://wsab-forest.sbras.ru/attachments/article/19/anglrusbi...

Rescue arm - группа "помощи"? :-)

22:11 Jun 22, 2018 

Я совершенно не оспариваю, что речь идет о сохранении фенотипа - способности к клеточному делению в случае компенсации экспрессии shRNA, подавляющей экспрессию MAT2A, внесением гена, не чувствительного к той самой shRNA.
Но не согласен с "сохранением гена".

И речь именно о контрольном эксперименте, подобном описанному на сайте термофишера, я привел ссылку на патент, краткая схема описана в легенде к рис. 5

21:48 Jun 22, 2018 

Не согласна. Ссылка на Термофишер - частный случай (вернее, один из множества). А в общем даже по той ссылке речь о сохранении фенотипа.

Или здесь, например: http://www.oxfordreference.com/view/10.1093/oi/authority.201...
The introduced wild-type gene sequences are said to “rescue” the mutant phenotype to normality.

21:15 Jun 22, 2018 

rescue arm - что-то типа положительного контроля

The rescue arm of knock-down and add back experiments would
be most simply performed by introducing expression vectors
encoding cDNA with silent mutations preventing cleavage by
Cas9–sgRNA.
https://www.horizondiscovery.com/media/resources/Publication...

21:04 Jun 22, 2018 

Доброй ночи, Натали, не совсем так.
shMAT2A это short hairpine RNA MAT2A, используемая для подавления экспрессии MAT2A и экспрессируемая клетками
wild type MAT2A rescue arm of shMAT2A - это вероятнее всего MAT2A cDNA that was resistant to the MAT2A shRNA (или клетки которые ее продуцируют), которая использована для проведения rescue experiment, необходимого, чтобы показать, что именно подавление экспрессии MAT2A приводит к прекращению деления клеток (growth inhibition)
https://patents.google.com/patent/WO2017096165A1/en

суть rescue experiment см. тут п.1
https://www.thermofisher.com/us/en/home/references/ambion-te...

Но на ум пока особо ничего гениального не приходит, возможно Вам приходилось сталкиваться
Простите, если несколько сумбурно к ночи