Mi sembra di capire che una di queste regioni attivatrici è non solo vicina all'oncogene nella sequenza del DNA (quindi in uno spazio 1D), ma anche nello spazio tridimensionale, in quanto la regione di DNA che la contiene descrive un'ansa che la rende prossima all'oncogene. Detto altrimenti, specificare 3D space qui serve per chiarire che la prossimità fisica fra le due regioni è maggiore di quella determinata dalla semplice prossimità sul DNA, e quindi è probabile che la regione attivatrice sia coinvolta nell'espressione dell'oncogene.
Sono ragionevolmente sicura di questa interpretazione ma, probabilmente, ci sono modi alternativi migliori per esprimere il concetto, anche in funzione di come hai tradotto il resto della frase.