使用許諾書でも色々に訳されていますし、これだけが正解ではないのですが、区別しやすい訳だとこの組み合わせがいいと思います。

厳密に線を引けるものではないのですが、例えば、コンピュータのモニタが突然調子が悪くなって、補償期間内なのでサービスに出すとします。修理期間中に業務に差し支えがあると困るので、元のモニタと同じかどうかは関係なく、同じ機能を有する「代替品」を提供してもらうことにしました。不具合があったモニタは結局直らなかったので、別のモニタに「交換」してもらいました。ということです。

Substitute を「差し替え」というときもありますし、Substitute と Replacement をどちらも代替と言うこともあります。Replacement が Substitute の意味で使われることもよくありますね。（caffeine substitute と caffeine replacement など）

また、Substitute は必ずしも一時的な「代わり」を指すものではなく、機械などでは純正パーツの代わりに使用できるパーツ（他社製を含む）をsubstitute parts と呼んでいます。でも、これも replacement parts とも呼ばれるので、ますます混乱しそうですね。

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Note added at 8 hrs (2007-04-30 20:31:26 GMT)
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Konishi さん、ライセンス同意書ではこのぐらいの訳しわけでいいと思うのですが、English＞Englishの方ででこの2つの言葉の違いを聞いてみる、というのも面白いと思います。もっとするどい指摘があるかもしれません。私の頭の中には、sub - は「代わり」、で、replacement は「換わり」に近いのではないかと解釈しています。で、「替わり」がどちらにも転ぶ気がします。

試しに、使用例から拾ってみようと思い、「hip replacement surgery」はあっても「hip substitute/substitution surgery」はないだろう、と仮定してgoogle してみたら、後者はそれぞれ１件だけですが、ありました。びっくり。でも、学校で先生が病欠したときに、臨時で入る先生は「substitute teacher」で、これはreplacement とは言わないはずですよね。先生が辞めたら、次に入るのは replacement ですが。このあたりは、ネイティブスピーカーの皆さんの意見を聞いてみたいところです。