Мне кажется, здесь речь идет о внутренних противоречиях, переживаемых каждым менеджером :-)
Т.е. разногласия были не между ними, и не между менеджерами и компанией, а в душе у них :-).
С одной стороны, они чувствовали глубокую связь с компанией, но это не значит, что у них не было никаких сомнений.
Иначе предложение не понятно, потому что разногласия между менеджерами никак не противоречат их связи с компанией, а у вас две части предложения явно противопоставлены.