Vertical silos - это такие структуры ( тип организации, приложение и проч.), когда берется в рассмотрение только один срез(сегмент) по всей толще.

Скажем есть служба обслуживания заказчиков. Можно ее разбить на группы по темам (лицензирование, поставка, техобслуживание) и каждая отдельная группа выполняет только свою функцию для всех заказчиков. Это горизонтальная структура.
Если же группы разбиты по принципу (Bank of America, компания Boeing, Target) и члены группы делают все от лицензирования до техобслуживания, но только для одного конкретного клиента или группы клиентов, - это пример вертикальной структуры.

"applications that have been developed in vertical silos" - это приложение, разработанное исходя из вертикальньного подхода, с расчетом на вертикальные структуры (ведения бизнеса, обслуживания клиентов и пр).

Идет много споров о том как более эффективно вести бизнес: "по горизонтали" или "по вертикали". Решение конечно зависит от каждой конкретной компании, но все равно дается нелегко.

Когда я работала в фирме (кстати e-business, CRM), мы должны были проходить через реогранизацию службы поддержки с горизонтальной на вертикальную. Тогда-то я всем этим и интересовалась.

Еще ссылки:
-------------------
http://www.chiefexecutive.net/round/169a/

Ron Ponder (Cap Gemini Ernst & Young Telecom Media & Networks): Does the company have a clearly articulated vision of their customer service/customer relationship strategy? Are they really serious about segmenting customers and understanding the segmentation that they need to have? And do they have very complex delivery channels and product silos, that tend to make application much more difficult? CRM, customer relationship management, is a horizontal application—and yet we’re faced with a lot of vertical silos.
-----------------------(немного косвенно, и все таки)

http://www.ceps.be/Commentary/July01/csd.htm
------------------------------------
The latter is the case in so-called vertical silos, where a single actor provides trading, clearing and settlement as a package. This might be practical for customers, but may act as a barrier to competition.