"Destinos" en principio debería referirse normalmente a las conexiones entre el aeropuerto principal de la aerolínea y las ciudades a las que viaja. Si ninguno de los dos aeropuertos es el aeropuerto "base" la aerolínea, normalmente se dice "enlaces" o "conexiones".
Por ejemplo, el aeropuerto principal de Iberia es Madrid. Un vuelo entre por ejemplo Sevilla y Toulouse se denominaría "enlace" o "conexión.
Ojo, esta regla no es inflexible. Hay líneas aéreas que a todo lo denominan "destinos"...