衛生紙 (eisei-shi)
トイレットペーパー (toilet paper)

The first one is rather a literal translation of "sanitary paper", and it will mean other things than "toilet paper", i.e. paper that is sanitary. The second one is more common than the first one to refer to "toilet paper".

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Note added at 2002-09-16 04:06:25 (GMT)
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The more accurate phonemic transcription for トイレットペーパー will be ¥"toiretto peepaa¥".

We are short of sanitary paper now.
「もうトイレットペーパーがないよ」

通常はロールに巻いたあれです。
sanitary napkinとなるとまったく別物です。

Sanitary paper covers paper products such as toilet tissue, kitchen towels, facial tissues, table napkins, and hand towels. "Toilet tissue/paper" is just part of it.

http://www.environmentalchoice.com/Company.cfm?group=94&cat=...

"...sanitary paper products, including toilet tissue, kitchen towels, facial tissues, table napkins, and hand towels, are manufactured..."

http://www.jpa.gr.jp/kids/world/step2_f0.html

「衛生用紙：ティシュペーパー、トイレットペーパー、紙タオル、など 」

I have never heard toilet paper referred to as sanitary paper. This might mean one of three things:
1 - Toilet paper;
2 - Sanitary napkins;
3 - Paper towels;

For Toilet:
落し紙 【おとしがみ】 (n) toilet paper
トイレットペーパー (n) toilet paper;
後架 【こうか】 (n) toilet
御不浄 【ごふじょう】 (n) a toilet
女便所 【おんなべんじょ】 (n) women's toilet
水洗便所 【すいせんべんじょ】 flush toilet
雪隠 【せっちん】 (n) toilet
男便所 【おとこべんじょ】 (n) men's toilet
厠 【かわや】 (n) privy; toilet
トイレット (n) toilet;
化粧室 【けしょうしつ】 (n) toilet; lavatory; powder room;
便所 【べんじょ】 (n) toilet; lavatory; rest room; latrine; comfort station;
トイレ (n) toilet; restroom; bathroom; lavatory; (P)
御手洗い 【おてあらい】 toilet; restroom; lavatory; bathroom (US)
お手洗い 【おてあらい】 toilet; restroom; lavatory; bathroom (US);
トワレ toilette
トワレット toilette

For Sanitary:
月経帯 【げっけいたい】 (n) sanitary napkin
サニタリーナプキン sanitary napkin
衛生上 【えいせいじょう】 hygienic; sanitary
健康的 【けんこうてき】 (adj-na) hygienic; healthful; sanitary
サニタリー sanitary;
衛生的 【えいせいてき】 (adj-na) hygienic; sanitary;

For Paper towels:
お絞り 【おしぼり】 (n) wet towel (supplied at table);
御絞り 【おしぼり】 (n) a hot, moistened hand towel;
手ぬぐい 【てぬぐい】 (n) (hand) towel;
手拭 【てふき】 (n) (hand) towel;
手拭き 【てふき】 (n) (hand) towel;
タオル (n) (hand) towel;
手拭い 【てぬぐい】 (n) (hand) towel;
懐紙 【ふところがみ】 (n) Japanese tissue; paper folded and tucked inside the front of one's kimono, especially for use at the tea ceremony; paper used for writing tanka;
塵紙 【ちりがみ】 (n) tissue paper;
ちり紙 【ちりがみ】 (n) tissue paper;
ティッシュペーパー (n) tissue paper;
鼻紙 【はながみ】 (n) tissue paper; handkerchief paper;