Little doubt as to meaning, I would think. The choice of term is probably a question of degree.

http://www.fondation-droitcontinental.org/upload/docs/applic...

p1 : « Dès l’abord, la question de l’indemnisation du préjudice moral en Droit français impose une précision d’ordre terminologique. Diverses conceptions de cette forme de préjudice sont en effet soutenables.
Au sens strict, le préjudice moral « pur » correspond à l’atteinte aux sentiments de la victime, à l’instar de celle qu’elle peut éprouver dans son honneur, dans sa réputation ou dans son affection. Une telle atteinte se distingue alors à la fois des préjudices matériels « purs », tels que des atteintes aux biens immédiatement susceptibles d’évaluation pécuniaire, et des préjudices corporels, qui englobent quant à eux toutes les conséquences d’une lésion du corps humain, qu’elles soient d’ordre patrimonial ou non patrimonial.

Au sens large, le préjudice moral regroupe l’ensemble des atteintes qui n’affectent pas directement un patrimoine. Soit, outre les préjudices moraux « purs », les effets extrapatrimoniaux d’un dommage corporel, à l’exemple du « prix de la douleur » ou pretium doloris. »
And in reference to a case in 1999 :

P14 : « En l’occurrence, un parc national s’était porté partie civile, au titre du préjudice causé par la négligence du propriétaire de deux chiens, qui avait laissé divaguer ses animaux dans son enceinte. En appel, l’action avait été déclarée irrecevable aux motifs, d’une part, de l’absence de dommages matériels et, d’autre part, de l’impossibilité de caractériser un préjudice moral du parc, ou en tout état de cause un préjudice moral distinct de l’atteinte à l’intérêt général, sanctionnée par l’action publique. »


Here, perhaps some context which is a little more relevant to the case in point :

http://www.juritravail.com/Actualite/obtenir-des-dommages-et...

« En effet, le salarié estime devoir toucher une indemnité supplémentaire en réparation de son préjudice moral car son employeur a évoqué, comme motif de licenciement, des faits anciens et douloureux de sa vie privée qu’il s’était attaché à taire et à oublier. Il considère donc avoir subi un préjudice distinct en sus de celui réparé par l’indemnité de licenciement sans cause réelle et sérieuse.

Les juges considèrent que le salarié tente uniquement de remettre en cause l’appréciation souveraine des juges de fond quant à l’existence d’un préjudice moral distinct de celui lié à la rupture du contrat de travail.
En tout état de cause, ils considèrent que les faits invoqués par le salarié ne sont pas de nature à lui causer un préjudice distinct de celui réparé par l’indemnité pour licenciement sans cause réelle et sérieuse. Cette indemnité est suffisante et la demande de dommages et intérêts du salarié est donc rejetée. »

The term « distinct » is clearly being used with its ordinary meaning : separate, distinct.


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Note added at 1 day8 hrs (2013-11-30 17:19:46 GMT)
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"Distinct" may even be a way through this one and is perhaps better than "clear". It better defines the idea of a separate item. It will depend on the rest of your original. Without the text which precedes, it is difficult to see the best ways to express the idea in context, without that context! ;-)

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Note added at 1 day9 hrs (2013-11-30 17:28:39 GMT)
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Actually, I find the translation of "moral" more difficult than the other two terms of the three. I'm not sure what others think. Perhaps Conor could help out with some more background.